Urodził się w 1925 r. w Nowym Sączu, w robotniczej rodzinie. Co ciekawe jego ojciec, według informacji powojennych, miał być legionistą Józefa Piłsudskiego i członkiem Bezpartyjnego Bloku Współpracy z Rządem. Tych danych nie udało się jednak potwierdzić. Pewnym jest, że przed wybuchem II wojny światowej należał do Polskiej Partii Socjalistycznej i Związku Zawodowego Kolejarzy.
Przed wybuchem II wojny światowej Eugeniusz ukończył szkołę powszechną i dwie klasy gimnazjum. W latach 1939-1945 pracował na kolei jako goniec, a także pomocnik biurowy. Następnie, w 1945 r. już po zajęciu Nowego Sącza przez Armię Czerwoną został fotoreporterem w Powiatowym Urzędzie Propagandy i Informacji. Potem, pod koniec 1945 r. wyjechał na Dolny Śląsk, gdzie został przyjęty w szeregi Polskiej Partii Robotniczej i rozpoczął prace w kłodzkim Powiatowym Urzędzie Bezpieczeństwa Publicznego.
Na początku 1946 r. Gruber został wysłany do Centralnej Szkoły Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego w Łodzi. Po jej ukończeniu wrócił do PUBP w Kłodzku i został oficerem śledczym tej jednostki. Za swoją pracę był nawet chwalony, co może oznaczać, że mógł odznaczać się bezwzględnością. Co istotne, Gruber prowadził dochodzenia przeciwko działaczom Zrzeszenia „Wolność i Niezawisłość”, którzy zostali wówczas bardzo brutalnie potraktowani.
Ówczesny chorąży na pewno był wyróżniającym się pracownikiem, gdyż wiosną 1948 r. został przeniesiony do Wrocławia. Tam objął stanowisko kierownika sekcji II Wydziału Śledczego Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego. Jego praca była wówczas wysoko ocenia. Gdy pojawił się wniosek o przeniesienie go na funkcję zastępcy naczelnika Wydziału I (kontrwywiadowczego) WUBP we Wrocławiu, wiceszef Departamentu Śledczego MBP ppłk Adam Humer stanowczo zaprotestował. Twierdził on, że Gruber był „dobrym” pracownikiem pionu śledczego i powinien zostać.
Ostatecznie protesty Humera na nic się zdały i ówczesny porucznik został zastępcą naczelnika Wydziału I. Tam pracował do 1952 r. Wówczas przeniesiono go do Łodzi, gdzie piastował funkcję naczelnika Wydziału I tamtejszej, miejskiej bezpieki.
Po kilku miesiącach ówczesny kapitan otrzymał etat w sekcji II Wydziału V Departamentu I. Pion ten zwalczał działalność wywiadu amerykańskiego na obszarze ówczesnej Polski. Pomimo dobrych ocen, po reorganizacji Departamentu I, przeniesiono go na stanowisko zastępcy naczelnika, a potem naczelnika Wydziału VI, który zajmował się inwigilacją cudzoziemców, przebywających w granicach PRL. Wśród osób, które były pod obserwacją wydziału byli m.in. członkowie misji handlowych, imigranci, marynarze, sportowcy, ale także turyści.
Paweł Sztama
Po utworzeniu Komitetu ds. Bezpieczeństwa Publicznego ówczesny major pracował w Wydziale VII Departamentu II (kontrwywiadu), a do jego zadań należało operacyjne zabezpieczenie pracowników placówek dyplomatycznych. Stanowisko Wydziału VII Departamentu II utrzymał, gdy pion ten wszedł w skład Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. Tyle, że Wydział VII odpowiadał za inwigilacją cudzoziemców, przebywających czasowo w PRL. Tym samym nie dziwi fakt, że Gruber był członkiem różnych grup operacyjnych tworzonych doraźnie, na potrzeby zabezpieczenia np. Targów Poznańskich czy też Mistrzostw Świata w narciarstwie klasycznym, które odbyły się w Zakopanem w 1962 r.
W 1963 r. ówczesnego podpułkownika przeniesiono do Wydziału X (informacyjno-analitycznego) Departamentu II. Tam objął funkcję naczelnika, a do jego zadań należała analiza danych, które spływały z różnego rodzaju komórek operacyjnych i przekuwanie ich w raporty, które następnie lądowały na biurkach najważniejszych urzędników Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej. O zaufaniu, jakim go darzono, niech świadczy fakt, że w tamtym czasie mógł mieć on bardzo poważne kłopoty z powodu działalność swojego szwagra. Ten ostatni był pracownikiem PUBP w Kłodzku, ale później był podejrzewany o kontakty z wywiadem Izraela. Ponadto w 1964 r., przebywając w Szwajcarii, postanowił nie wracać do kraju. Pomimo to Gruberowi włos z głowy nie spadł.
W 1967 r. został skierowany do Moskwy, gdzie pracował w Grupie Operacyjnej, inwigilującej Polaków przebywających w ZSRS. Do kraju wrócił w 1970 r., ale etatu w kontrwywiadzie już dla niego nie było. Rozpoczął wówczas pracę w resortowym archiwum, czyli Biurze „C” MSW, gdzie funkcjonował w Grupie Analiz i Informacji. Ostatecznie z MSW został zwolniony w 1972 r.
Z taką decyzją pułkownik nie mógł się pogodzić. Co ciekawe, wpływ na jego odejście miał mieć donos, w którym sugerowano, że Gruber był zwykłym łapówkarzem i do Moskwy pojechał dzięki płatnej protekcji, wręczonej dyrektorowi generalnemu MSW, a wcześniej jego przełożonemu płk. Ryszardowi Matajewskiemu. Tego jednak już nigdy nie uda się ustalić.
Ostatecznie do bezpieki pułkownik już nie wrócił. Rozpoczął jednak współpracę z MSW jako konsultant o ps. „Gruby” i był na kontakcie Wydziału IV Departamentu III MSW. Wówczas miał etat w Polskiej Agencji Artystycznej „Pagart”.
Eugeniusz Gruber zmarł w 2007 r. i został pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach.